據《藥師琉璃光如來本願功德經》記載,藥師佛在因地修行菩薩道時,曾發十二大願:
一、自身光明照無邊界;
二、願我來世得菩提時,身如琉璃,內外明徹,淨無瑕穢;光明廣大,功德巍巍,身善安住,焰網莊嚴過於日月;幽冥眾生,悉蒙開曉,隨意所趣,作諸事業。
三、令諸有情悉皆圓滿;
四、令一切眾生行者安住大乘法宗;
五、令諸有情修行梵行如法清淨;
六、諸根不具者皆得端嚴;
七、令諸有情身心安樂乃至菩提;
八、由女身轉男身;
九、令諸有情消除外道邪見修習諸菩薩行;
十、令諸有情解脫一切憂苦;
十一、令諸有情隨意飽滿令住安樂;
十二、令諸有情得種種上妙衣服無諸苦惱。